MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis KIM plasmid pMT-1

Total Repeats: 289

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004838	CCA	2	6	51	56	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_004838	ACG	2	6	100	105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004838	CTG	2	6	127	132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_004838	ACCA	2	8	152	159	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_004838	CG	4	8	182	189	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_004838	GTG	2	6	261	266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004838	AG	3	6	291	296	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004838	TTCA	2	8	307	314	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_004838	AAC	2	6	320	325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_004838	AG	3	6	496	501	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004838	CATT	2	8	572	579	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_004838	GTT	3	9	620	628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004838	CT	3	6	699	704	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_004838	TGG	2	6	1811	1816	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004838	TCA	2	6	1846	1851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_004838	CT	3	6	1887	1892	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_004838	TGGT	2	8	1897	1904	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004838	TCT	2	6	1925	1930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_004838	CT	3	6	1929	1934	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_004838	TG	3	6	2112	2117	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004838	AAAC	2	8	2122	2129	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004838	AT	3	6	2152	2157	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004838	CCT	2	6	2219	2224	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_004838	AG	3	6	2255	2260	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004838	GTT	2	6	2261	2266	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004838	TTA	2	6	2283	2288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004838	CT	3	6	2291	2296	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_004838	TCT	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_004838	TC	3	6	2399	2404	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_004838	ATT	2	6	2415	2420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004838	AAT	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004838	AGT	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004838	AGA	2	6	3409	3414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004838	ATAA	2	8	3464	3471	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004838	CTG	2	6	4743	4748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_004838	TGACG	2	10	4781	4790	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_004838	ACTT	2	8	4843	4850	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_004838	TCT	2	6	4885	4890	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_004838	GTT	2	6	4907	4912	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004838	TAGG	2	8	9530	9537	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004838	T	6	6	9577	9582	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004838	GGA	2	6	10279	10284	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004838	TATT	2	8	10285	10292	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004838	T	6	6	10311	10316	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004838	CAA	2	6	10344	10349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_004838	CACGA	2	10	11762	11771	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_004838	T	6	6	11808	11813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004838	ACC	2	6	11834	11839	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_004838	A	6	6	11913	11918	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004838	CAA	2	6	11924	11929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_004838	A	6	6	11961	11966	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004838	A	6	6	12233	12238	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004838	TTAT	3	12	12992	13003	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004838	T	6	6	13064	13069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004838	A	8	8	13081	13088	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004838	TTC	2	6	13091	13096	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_004838	TAAA	2	8	13148	13155	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004838	TA	3	6	13179	13184	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004838	ATA	2	6	13240	13245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004838	TTA	2	6	13261	13266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004838	TAT	2	6	16171	16176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004838	AGTA	3	12	16177	16188	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004838	TA	3	6	16191	16196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004838	TA	4	8	19653	19660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004838	TTA	2	6	19674	19679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004838	AT	3	6	19681	19686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004838	GTT	2	6	19766	19771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004838	CCTA	2	8	21721	21728	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_004838	CGA	2	6	23812	23817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_004838	GTAA	2	8	25159	25166	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004838	GGC	2	6	25894	25899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_004838	GCC	2	6	25903	25908	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_004838	TA	3	6	28499	28504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004838	CT	3	6	29341	29346	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_004838	TAT	2	6	35029	35034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004838	AAG	2	6	37150	37155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004838	TCTT	2	8	42440	42447	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_004838	T	6	6	45415	45420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004838	AGCG	2	8	45506	45513	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_004838	AT	3	6	45580	45585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004838	TTGG	2	8	45620	45627	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004838	GTAG	3	12	46317	46328	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004838	TTAT	2	8	46329	46336	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004838	TCA	2	6	46374	46379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_004838	ACG	2	6	46388	46393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_004838	CCA	2	6	46419	46424	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_004838	A	6	6	49171	49176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004838	CCA	2	6	49180	49185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_004838	TCG	2	6	50023	50028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_004838	TAAG	2	8	50049	50056	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004838	CAA	2	6	50991	50996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_004838	T	6	6	52259	52264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004838	TAA	2	6	52308	52313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_004838	T	7	7	52335	52341	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004838	A	7	7	52360	52366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004838	ACG	2	6	52397	52402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_004838	A	6	6	52436	52441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004838	GAT	2	6	52465	52470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004838	AAT	2	6	52471	52476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004838	GT	3	6	52553	52558	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_004838	A	6	6	52591	52596	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004838	AGT	2	6	53720	53725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004838	TGA	2	6	53750	53755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004838	CG	3	6	53832	53837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_004838	TCA	2	6	53842	53847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_004838	TCA	2	6	53868	53873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_004838	TC	3	6	53895	53900	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_004838	AAG	2	6	54273	54278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004838	GCC	2	6	54288	54293	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_004838	CAC	2	6	54313	54318	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_004838	TTA	2	6	55593	55598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004838	AAG	2	6	55615	55620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004838	ACC	2	6	55672	55677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_004838	CGA	2	6	55697	55702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_004838	GAT	2	6	55709	55714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004838	CAT	2	6	55718	55723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_004838	ATT	2	6	55725	55730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004838	ATG	2	6	55734	55739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004838	ATT	2	6	55760	55765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004838	TAA	2	6	57578	57583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004838	GCA	2	6	57595	57600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_004838	A	8	8	58161	58168	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004838	GGTAA	2	10	58249	58258	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004838	CTT	2	6	58336	58341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_004838	A	6	6	58384	58389	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004838	T	6	6	58405	58410	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004838	CATA	2	8	58453	58460	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_004838	TA	3	6	58517	58522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004838	A	6	6	58597	58602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004838	T	7	7	58619	58625	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004838	GTC	2	6	58673	58678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_004838	CCGTT	2	10	58810	58819	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_004838	GGA	2	6	58843	58848	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_004838	AGT	2	6	60806	60811	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004838	TTG	2	6	61582	61587	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_004838	CAA	2	6	61588	61593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_004838	ACC	2	6	61644	61649	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_004838	ATG	2	6	61708	61713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004838	AAT	2	6	61727	61732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004838	TGT	2	6	61752	61757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004838	T	6	6	61761	61766	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_004838	GT	3	6	61767	61772	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004838	AT	3	6	61802	61807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004838	ATCT	2	8	61817	61824	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_004838	ATC	2	6	64370	64375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_004838	AATG	2	8	65796	65803	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004838	TA	3	6	65818	65823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_004838	CAT	2	6	65850	65855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_004838	CTC	2	6	66354	66359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_004838	CTG	2	6	66372	66377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_004838	CGC	2	6	67985	67990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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289	NC_004838	A	6	6	100956	100961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.